有机肥经过微生物发酵后，产生的许多化合物和营养物质，其中一些很容易在大气中变成气体并挥发，如氨氮和硝化氮，已经失去了肥料中的营养物质。这些差异化有机肥料的养分可以溶解在水中，很容易被雨水冲走，失去肥料的肥力，降低肥料效率。因此，在施肥时，我们必须考虑肥效。
有些农户图省事把有机肥撒在土壤表面，肥料效率的损失很大。农户在施用农家有机肥时，如果采用深施的方法，将对充分利用肥料效率起到很大的作用，从而达到施肥的目的，发挥肥料的作用。否则，会造成肥料浪费。
① 它可以通过土壤内表面的微生物发酵使农家有机肥继续腐烂，使尚未分解的腐殖质继续分解为植物所需的养分，加快肥料的转化率，提高肥料的转化程度，提高肥料效率。
② 农家有机肥分解出的氨氮和硝态氮不易形成气体挥发，可迅速被土壤中作物根系吸收利用，减少氮肥损失，提高肥料利用率。
③ 农家肥被微生物分解形成土壤颗粒质量结构，防止养分被土壤表面的雨水冲走，保持肥料效率，提高肥料利用率。
作物的主要根系生长在土壤表面以下。土壤表面的肥料吸收能力相对较差，肥料利用率很低。因此，肥料效率将降低，那些能够被吸收的肥料，以及根系无法获得或难以获得的养分，将因自然降雨而流失，无法达到肥料效率。因此，建议农民在春季耕作和施肥过程中尽可能深地施用农家有机肥，不要直接洒在土壤表面，以免造成麻烦。只有这样才能提高施肥效率，达到施肥的真正目的，降低施肥成本，提高经济效益，这起到了非常重要的作用。